Yumurta toplanmasından sonra mikroenjeksiyon yapılan ve ardından döllenme olan embriyolar izlenerek uygun olan tarihte transfer planlanır. Geçen her gün embriyoların hücre sayısı, hücrelerin birbiri ile ilişkisi ve orantısı, hücreler arası artık olup olmadığı gibi çok sayıda veri alınabilir. Bu arada embriyoların tutulduğu ortam daha sonradan rahim içine yerleştirileceği rahim içi dokuya oldukça benzemekte ve mümkün olduğunca doğal ortam oluşturulmaktadır.
Embriyo transferinde temel hedef en iyi embriyoyu rahim içi dokuya transfer edebilmektir. Bu noktada yumurta toplamada kaç adet sağlıklı yumurta elde edilebildiği ve sonrasında döllenme ve bölüme aşamaları geçince kaç adet sağlıklı embriyo ede edilebildiği sorusu gündeme gelir. Eğer yumurta sayısı kısıtlı ya da tek ya da iki embriyo elde edilebilmişse 2. ya da 3. gün transfer kararı verilebilir.Bu noktada bir an önce elimizdeki embriyoyu rahim içinde doğal ortamına yerleştirmek zaman zaman embriyo için daha sağlıklı bir ortam oluşturabilmektedir.
Diğer olasılık 5. gün transferidir. 5. güne ulaşmış embryo blastokist adını alır ve sayılamayacak kadar çok hücre içerir. Blastokist içinde artık embriyo ve plasentayı oluşturacak hücreler bile ayrı ayrı belirlenmiş durumdadır. Amaç en iyi embriyoyu transfer edebilmek ise elde yeterli embriyo olduğunda aralarından seçim yapabilmek mümkün olacaktır. Döllenmede sonra hücre çekirdeklerinin yapısı, hücrelerin birbirine oranı, hücre sayısı ve hücreler arası artıkların varlığının izlendiği bu beş gün sonunda blastokist varlığı en iyi implante olacak embriyo anlamına gelir Kısıtlı sayıda embriyo transfer edildiği için eldeki en iyi embriyonun kullanılması gebelik başarısını çok artıracaktır. Blastokist transferinde implantasyon başarısı %70 olarak verilmektedir.Bu oran 2. ve 3. günlerde embriyo kalitesine göre değişmekle birlikte %40 civarındadır.
Gebelik sağlığı ile ilgili önemli bir ayrıntı daha blastokist transferini anlamlı kılmaktadır. Embriyo gelişirken sağlıklı olup olmadığı genetik ve metabolik durumuna bağlıdır. 5. güne ulaşan ve çok sayıda sağlıklı hücre içeren embriyoda genetik anormallik görülme olasılığı çok daha düşüktür.
Tekrarlayan gebelik başarısızlıklarında embriyo kalitesine bağlı sorunların aşılabilmesi için blastokist transferi çok daha iyi bir çözüm yolu sunmaktadır.
Eğer tüp bebek denemesi sonrası elimizde dondurulmuş embriyo kalacaksa tercihen blastokist aşamasına gelmiş embriyoların saklanması daha uygun olacaktır. Zira çözme sonrası ve transfer sonrası daha yüksek olasılıkla gebelik oluşabilmesi mümkün olacaktır.